Program Studi Akuntansi Universitas Yapis Papua berdiri sejak 26 April 2004 berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor 58/D/O/2004. Prodi ini mulai menerima mahasiswa pada tahun akademik 2004/2005.

Sejak berdiri, Prodi Akuntansi terus berkembang dan melakukan penguatan mutu secara bertahap.  Dalam hal akreditasi, Prodi Akuntansi pertama kali memperoleh akreditasi pada tahun 2006 dengan peringkat C berdasarkan SK BAN-PT Nomor 018/BAN-PT/Ak-X/S1/2006. Selanjutnya, melalui penguatan tata kelola, perbaikan kurikulum, peningkatan kualitas dosen, dan pembenahan dokumen mutu, Prodi Akuntansi mengalami peningkatan capaian akreditasi. Hasil Instrumen Suplemen Konversi (ISK) menunjukkan peringkat B/Baik Sekali berdasarkan SK BAN-PT Nomor 8872/SK/BAN-PT/Ak-PPJ/S/VI/2021. Capaian akreditasi kedua prodi tersebut menunjukkan bahwa FEB UNIYAP memiliki fondasi mutu yang baik dalam penyelenggaraan pendidikan tinggi bidang ekonomi dan bisnis, sekaligus menjadi modal penting untuk penguatan tata kelola FEB UNIYAP menuju akreditasi unggul pada siklus berikutnya. Akreditasi Manajemen SK BAN-PT Nomor 12998/SK/BAN-PT/Ak-PPJ/S/XII/2021 menunjukkan peringkat B/Baik Sekali, Jumlah Dosen FEB Prodi Manajemen sebanyak 32 orang dan Prodi Akuntansi sebanyak 23 orang.

Kurikulum